Если ваш document_root совпадает с /usr/local/www, вопросов нет, установили и пользуемся. Но если вы предпочитаете в качестве document_root что-нибудь вроде /home/user/www/domain.com, то приходится для phpMyAdmin заводить виртуальный сервер с изрядным куском текста в конфиге сервера. Но можно сделать проще:
ln -s /usr/local/www/phpMyAdmin /home/user/www/domain.com/phpmyadmin
Все, входим через http://domain.com/phpmyadmin