Во времена виндовые одна из немногих утилит постоянного пользования, не считая PortableApps, Wise Utilities и SysInternals, была утилита для очистки всего — CCleaner.
Для линукса чистка реестра не актуальна, но все остальное, включая и следы жизнедеятельности APT, очень даже не мешает иногда почистить. Вот такой же швейцарский нож тут утилита BleachBit. Ставится из репозитория, запускается повседневно от текущего пользователя, для чистки системы — от рута. Дополнительно, кроме очистки системы от мусора, можно почистить дисковое пространство от всяких следов прошлого (wiping и shredding).
Можно запускать из командной строки, в том числе по крону.