Я уже где-то упоминал нежелательность ftp-сервиса на сервере с точки зрения безопасности. Впрочем, это касается любых сервисов сверх необходимого.
Однако, ftp по-прежнему популярен, в основном из-за его привычного удобства. Но сейчас этот вопрос можно пересмотреть, причем с бОльшим удобством и с намного большей безопасностью по сравнению с ftp. Несмотря на известные недостатки BitTorrent Sync (основной недостаток, собственно, один — закрытость, но он же и достоинство), если вы готовы довериться, то достоинства этого решения себя оправдают.
Для пользователей можно расшарить /home/user и /usr/local/www/usersite, а для админа — /usr/local/etc (возможно, даже /etc, можно выборочно), /var/log, /usr/local/www, ну и несколько других мест на свой вкус (примеры для FreeBSD). Синхронизация самых популярных мест с рабочим ноутбуком сделает работу гораздо удобнее.
Для администратора здесь так же есть дополнительная возможность организовать эффективный инкрементный (на уровне файлов) бэкап.
Как по мне, btSync заметно удобнее rSync и zSync, не уступая им в защищенности.