Мультисайтовая конфигурация вордпресса решает две основные задачи. Одна, унаследованная от WordPress MU, — администрирование многопользовательского семейства блогов (сайтов) на домене. Ну, что-то вроде портала. Другая задача — избежать дублирования движка при размещении вордпресс-сайтов в пределах хостинга или сервера. Звучит похоже, но первая задача — организационная (административная), вторая технологическая.
И хотя у мультисайтовой установки есть свои минусы, в том числе и с точки зрения безопасности, все они компенсируются отсутствием необходимости обслуживать для пары десятков (или сотен) сайтов такое же количество движков (и отдельных баз, кстати). Но с докером можно настроить конфигурацию, когда в одном контейнере сидит единственный движок, то есть ядро, а в каждом рабочем контейнере своя односайтовая конфигурация. В этом есть свои преимущества.